Ogni Comune predispone una procedura e un modulo da compilare.
Per Milano ho trovato questo:
Il servizio Residenza-Mi si occupa di fornire la residenza anagrafica a persone senza dimora presenti sul territorio del Comune di Milano.
www.comune.milano.it
Prova ad informarti lì (non genericamente all'Anagrafe comunale come pare tu abbia già fatto):
facendo presente la tua situazione: hai un lavoro a Milano, produci un reddito sul quale paghi le imposte. Non sei una persona "irregolare" senza reddito o dedita ad attività illegali!