Ma la rettifica l'hai fatta nel 2011? Vero?
Tu hai costruito nel 2003, hai rettificato nel 2011 però avresti anche pagato (da quello che ho capito? già la multa anche al Comune.
Premesso che l'accatastamento va fatto entro 30 giorni dall'ultimazione lavori, a mio avviso dovresti recarti in Equitalia (o chi per te) con tanto di documentazione allegata circa i pagamenti già effettuati come sanzione oltre al nuovo accatastamento, per dimostrare il fatto che tu sia in regola e far rottamare la cartella.
Molto probabilmente questa cosa è partita allora prima del tuo riaccatastamento del 2011 ed ha seguito un'altra via rispetto all'aggiornamento della pratica catastale.
L'unica cosa è recarti in Equitalia con i documenti attestante ciò che dici per far rottamare la cartella a tuo carico, non vedo altre soluzioni.