Quelle che chiami "le tasse dell'affitto" sono l'IRPEF e l'imposta di registro annuale se rimani in regime di tassazione ordinaria, oppure la cedolare secca se eserciti l'opzione. In entrambi i casi se paghi il dovuto sei a posto.contratto registrato in regola pago le tasse dell'affitto
Il tuo problema riguarda l'IMU: direi che ti hanno risposto esaurientemente gli esperti di questo forum nei post n. #48 e n. #50: niente IMU sull'abitazione principale (come la tua che è di categoria catastale A/2) anche se è parzialmente locata.
Tutte queste cose il Caf le sa: sei sicuro di aver posto la domanda in modo chiaro?!?