Il mod. 69 DEVI presentarlo entro 30 giorni dalla scadenza della annualità, in quanto si tratta di tacita proroga e tu eserciti l'opzione per la cedolare secca. Cito dalla Circolare n. 26/E del 1/6/2011 dell'Agenzia delle Entrate.
"3.2 Proroga del contratto di locazione.
In caso di proroga, anche tacita, del contratto di locazione, occorre procedere, ai sensi dell’articolo 17 del TUR, al versamento dell’imposta di registro entro trenta giorni dal verificarsi del relativo evento.
Qualora il contratto venga prorogato per più annualità, il pagamento può essere eseguito annualmente ovvero per l’intero periodo. Il contribuente deve, inoltre, presentare l’attestato di versamento entro i venti giorni successivi al pagamento. Tali modalità devono essere osservate in caso di contratti di locazione di immobili abitativi per i quali non è esercitata l’opzione per il regime della cedolare secca ovvero è esercitata, in caso di più locatori, solo da alcuni di essi.
Si precisa che il locatore che intende esercitare l’opzione per il regime della cedolare secca, nell’ipotesi descritta, deve effettuare detta scelta tramite la presentazione del modello 69 presso gli uffici dell’Agenzia delle entrate, nel termine di trenta giorni dal momento della proroga."
E poi, al punto 8.1.1. che ti consiglio di leggere per intero:
"L’applicazione della cedolare secca riferita all’annualità scadente nel 2011 in sede di dichiarazione dei redditi da presentare nell’anno 2012 (redditi 2011), può avere effetti anche per l’annualità contrattuale successiva, vale a dire per l’annualità decorrente dall’anno 2011.
L’applicazione della cedolare secca in sede di dichiarazione dei redditi può riguardare, pertanto, sia entrambe le annualità, vale a dire quella che scade nel 2011 e quella che decorre dallo stesso anno e scade nel 2012, sia una soltanto di esse.
Per l’annualità decorrente dal 2012 e per le successive, in applicazione della regola generale, il contribuente che intenda avvalersi della cedolare secca dovrà comunque, entro i termini previsti per il versamento dell’imposta di registro relativa a detta annualità, esprimere la relativa opzione con il modello 69"
Vedi l'allegato 965