A parte il tempo perso, credo che se vai in Agenzia col vecchio contratto e tutte le annualità e proroghe pagate, e spieghi la situazione, non dovrebbero fare storie ed annullare il doppione.
O magari lasciano le cose così, senza crearti problemi: a volte non sanno nemmeno loro la procedura per annullarli. A me è capitato di replicare la registrazione di un contratto telematico, il medesimo giorno: in uno dei due avevo erroneamente indicato il numero di sub nella casella della sottoparcella: ho comunicato l'errore (noi non potevamo rettificare direttamente); se oggi consulto la lista dei contratti sono presenti entrambi, eppure sono anni e si sono succeduti almeno altri due inquilini.
O magari lasciano le cose così, senza crearti problemi: a volte non sanno nemmeno loro la procedura per annullarli. A me è capitato di replicare la registrazione di un contratto telematico, il medesimo giorno: in uno dei due avevo erroneamente indicato il numero di sub nella casella della sottoparcella: ho comunicato l'errore (noi non potevamo rettificare direttamente); se oggi consulto la lista dei contratti sono presenti entrambi, eppure sono anni e si sono succeduti almeno altri due inquilini.