Allora:
Dal primo aprile 2012 al 31/12/2012 sei a tassazione ordinaria per il 2012.
Dal 01/01/2013 al 31/03/2013 sei a tassazione ordinaria per il 2013.
Dal 01/04/2013 in poi sei a tassazione sostitutiva (cedolare secca) per il 2013.
Quindi per la dichiarazione dei redditi del 2012 (unico 2013) per questo immobile dovrai compilare due righi, il primo che copre il periodo dal 01/01/2012 al 31/03/2012 come immobile non locato ed il secondo dal 01/04/2012 al 31/12/2012 come immobile locato a tassazione ordinaria (IRPEF) ed il reddito imponibile sarà l'85% del canone percepito (le imposte per i non locati sono assorbiti dall'IMU) per cui 400,00 X 9 = 3600,00 X 0,85 = 3060,00 questa è la cifra che andrà assoggettata all'IRPEF per il 2012 e se hai pagato degli acconti ci pagherai il saldo.
Più tardi ti risponderò per gli acconti del 2013.
Per quanto riguarda gli acconti del 2013 questi saranno calcolati sulla base degli importi assoggettati a tassazione ordinaria per i primi tre mesi del 2013 cioè la base imponibile IRPEF sarà 400,00 x 3 x 0,85= €1020,00.
Per gli acconti dellla cedolare secca del 2013 visto che per te è il primo anno di applicazione non saresti tenuto ad effettuare acconti in quanto non hai una base storica ma così facendo ti ritroveresti a dover pagare, l'anno prossimo a giugno, il saldo del 2013 che ammonterebbe a € 756,00 più il primo acconto del 2014 che sarebbe come minimo, prendendo come storico quanto versato nel 2013, € 287,00 per un totale a giugno di cedolare secca di € 1043.
In questi casi io preferisco effettuare dei versamenti in acconto su base volontaria in questa maniera: il percepito nel 2013 sarà di 400,00 x 9 = € 3600,00 di questo calcolo la cedolare secca che è il 21% sull'intero importo (19% in caso di canone concordato) quindi € 756,00. Gli acconti saranno quindi a giugno il 38% pari a € 287,00 e a novembre il 57% pari a € 431,00. Ti rimarranno € 38,00 pari al 5% che verserai a saldo per il 2013 l'anno prossimo.
Un po noioso ma spero di esserti stato utile.