Da quanto scrivi, esiste la licenza edilizia che evidentemente non corrisponde con il progetto presente negli archivi del comune. Dovrebbe essere cura di quest'ultimo rintracciare i disegni corrispondenti per poter contestare un abuso.
Una considerazione: il nulla osta della soprintendenza era ed è vincolante per il rilascio della licenza o concessione edilizia.
Infine, le planimetrie catastali non possono essere prese in considerazione per dimostrare la regolarità edilizia, occorre il progetto e l'abitabilità.
