Penso che la risposta c'è l'hai nell'ingiunzione che ti hanno notificato. Mi immagino che ti abbiano intimato il ripristino del locale.
La situazione è un pò spinosa, visto che c'è già un sequestro in atto, presumo che in comune abbiano valutato che il ripristino dell'immobile non era una strada percorribile.
Ti consiglio di contattare un tecnico di fiducia, per valutare se c'è ancora la possibilità di procedere con un accertamento di conformità edilizia.
In questo momento non ha alcun senso procedere con una variazione catastale, anche perchè se il sequestro è divenuto esecutivo, non hai più titolo per disporre dell'immobile.