Puoi iniziare a documentarti leggendo la guida dell'Agenzia delle Entrate (quella del 2019 è tuttora valida) nella sezione che ti interessa:esiste una check-list per i lavori "ben fatti"
Consiglierei di fare attenzione alle pratiche urbanistiche necessarie, tipo presentazione della Cila al Comune in base alla tipologia dei lavori da eseguire.
Se l'impresa "pensa a tutto" significa che si avvale di professionisti che se ne occupano, ai quali ti puoi rivolgere per chiarimenti.