Il fatto che Francesco 1994 abbia dichiarato il reddito fondiario anno per anno, evidentemente in regime normale (se fosse stato in regime di cedolare secca avrebbe dovuto indicare anno per anno gli estremi di registrazione del contratto) non significa che l'Agenzia delle Entrate abbia potuto collegare quel reddito fondiario a quel particolare contratto.
Pertanto credo che per l'Agenzia delle Entrate il contratto indicato sia scaduto alla data indicata in fase di registrazione. Anche se ci fosse stata una tacita proroga, questa avrebbe dovuto essere comunicata all'Agenzia delle Entrate entro 30 giorni dalla scadenza tramite mod. RLI. Anche un'eventuale contestazione sulla durata anomala di due anni sarebbe stata sollevata in sede di registrazione. Se non è stato fatto, l'Agenzia delle Entrate considera il contratto chiuso alla prima scadenza.
Detto questo, secondo me, il reddito fondiario dichiarato in questi anni di "non contratto", ossia di "buco", non sarà oggetto di accertamento a meno di altri eventi che coinvolgano il contribuente e in base ai quali si vadano a "spulciare" i suoi redditi. Avrebbe potuto - per assurdo - anche aver locato l'immobile con contratti di durata inferiore ai 30 giorni a persone diverse e quindi senza l'obbligo di registrazione.
Pertanto io consiglierei Francesco 1994 di stipulare e registrare un contratto nuovo a partire da oggi, registrandolo e versando l'imposta per la prima annualità oppure avvalendosi della cedolare secca. Trascorsi 6 anni nessuno andrà più a indagare sul periodo di vuoto contrattuale di quell'immobile.
