Secondo me all'Agenzia delle Entrate non accettano una prassi del genere.
C'è però una bella Risoluzione n. 60 del 28/06/2010 dell'Agenzia delle Entrate che illumina sul problema:
Parere dell’Agenzia
Al fine di corrispondere al quesito proposto, occorre stabilire, in via preliminare, quali adempimenti devono essere posti in essere nell’ipotesi in cui le parti, modificando l’originario contratto di locazione stipulato, definiscano una riduzione del canone di locazione, e, in particolare, se sussista l’obbligo, ai fini dell’imposta di registro, di comunicare tale modifica all’amministrazione finanziaria.
Con specifico riferimento ai contratti di locazione, si ricorda che gli articoli 3 e 17 del DPR 26 aprile 1986, n. 131 (di seguito TUR), individuano in maniera esplicita gli eventi successivi alla conclusione del contratto di locazione che devono essere autonomamente assoggettati a registrazione. Si tratta delle cessioni, risoluzioni e proroghe dell’originario contratto che devono essere, pertanto, registrate in termine fisso anche se stipulati verbalmente o se il relativo contratto venga redatto nella forma della scrittura privata non autenticata.
In tali ipotesi, occorrerà procedere, ai sensi dell’articolo 17 del TUR, al versamento dell’imposta di registro entro 30 giorni dal verificarsi dell’evento.
In base alle citate disposizioni, le parti contrattuali, che hanno inteso risolvere il contratto prima della naturale scadenza o che, pur mantenendo in vita il contratto originario, ne hanno modificato alcuni elementi, quali i soggetti o il termine finale di efficacia, sono, quindi obbligati a darne comunicazione all’Agenzia delle entrate pagando la relativa imposta.
A parere della scrivente, l’accordo di riduzione del canone inizialmente pattuito, oggetto della presente istanza di interpello, non sembra tuttavia riconducibile alle ipotesi, contemplate nei predetti articoli 3 e 17 del TUR, di cessione, risoluzione e proroga, anche tacita, del contratto.
Non si ravvisa, in particolare, nell’accordo di riduzione del canone una ipotesi di risoluzione dell’originario rapporto contrattuale; secondo il consolidato orientamento della Cassazione, infatti, “…le sole variazioni del canone non sono di per sé indice di una novazione di un rapporto di locazione, trattandosi di modificazioni accessorie della correlativa obbligazione…la novazione oggettiva del rapporto obbligatorio postula, infatti, il mutamento dell’oggetto o del titolo della prestazione, ex art. 1230 c.c.”(cfr. sentenza della Corte di Cassazione, sez. III, del 9 aprile 2003, n. 5576).
Deve, quindi, escludersi la riconducibilità dell’accordo di riduzione del canone tra gli eventi che devono obbligatoriamente essere portati a conoscenza dell’Amministrazione finanziaria secondo le modalità di cui all’articolo 17 del TUR.
Né, d’altra parte, trova applicazione, nel caso di accordo di riduzione del canone, il principio sancito dall’articolo 19 del TUR, secondo cui è fatto obbligo alle parti contraenti, ai loro aventi causa e a coloro nel cui interesse è stata richiesta le registrazione di denunciare entro venti giorni, dal loro verificarsi, gli “…eventi…che diano luogo ad ulteriore liquidazione di imposta”. Tra tali eventi, sicuramente è annoverabile l’aumento contrattuale del canone di locazione, cui segue la liquidazione di una maggiore imposta di registro mentre non vi può essere ricondotto un accordo che preveda la riduzione del canone e di conseguenza della base imponibile.
In definitiva, l’accordo in esame non rientra nelle fattispecie contemplate dall’articolo 17 del TUR in quanto non concretizza una ipotesi di cessione, risoluzione o proroga dell’originario contratto di locazione, né nella previsione dettata dall’articolo 19 che impone di assoggettare a registrazione qualsiasi evento successivo alla registrazione che dia luogo ad una ulteriore liquidazione dell’imposta.
Deve, quindi, ritenersi che, fatta salva l’ipotesi in cui il predetto accordo di riduzione del canone venga formalizzato nella forma dell’atto pubblico o della scrittura privata autenticata, non sussista in capo ai contraenti l’obbligo di comunicare all’Amministrazione finanziaria la modifica contrattuale intervenuta.
Si fa presente, tuttavia, che il perfezionamento dell’accordo di riduzione del canone può determinare, di fatto, la diminuzione della base imponibile ai fini dell’imposta di registro (come pure ai fini delle imposte dirette), e conseguentemente, la corresponsione di una minore imposta.
Pertanto, può rispondere ad esigenze probatorie la necessità di attribuire all’atto di modifica contrattuale la data certa di fronte ai terzi.
Tra i mezzi che il nostro ordinamento riconosce come idonei a conferire la certezza della data ad un atto vi è la registrazione, che, ai sensi dell’articolo 18 del TUR, attesta l’esistenza degli atti ed attribuisce agli stessi data certa di fronte ai terzi a norma dell’articolo 2704 del codice civile.
Premesso quanto sopra, occorre rilevare che ai sensi dell’articolo 8 del TUR, anche in assenza di un obbligo di legge “Chiunque vi abbia interesse può richiedere in qualsiasi momento, pagando la relativa imposta la registrazione di una atto”.
La facoltà di registrare volontariamente il nuovo accordo consentirà, dunque, alle parti contraenti di rendere edotta l’Amministrazione finanziaria circa il nuovo accordo intervenuto tra le stesse, rendendolo certo di fronte ai terzi.
In occasione della registrazione, occorrerà naturalmente fare riferimento al contratto originario e ai relativi estremi di registrazione.
Circa la quantificazione dell’imposta relativa alla registrazione dell’accordo intervenuto, si ricorda che il punto II) della nota posta in calce all’articolo 5 della Tariffa allegata al TUR, stabilisce che “… l’ammontare dell’imposta, per le locazioni e gli affitti di beni immobili, non può essere inferiore alla misura fissa di euro 67”.
Tenuto conto che l’accordo di riduzione del canone in esame non concretizza una ipotesi contrattuale autonoma ma accede ad un contratto di locazione già regolarmente registrato, deve ritenersi che la previsione dettata dal citato articolo 5 della Tariffa trovi applicazione anche con riferimento alla registrazione volontaria di detto accordo che sconterà, pertanto, l’imposta in misura pari ad euro 67,00.
Si rileva, altresì, che ai fini dell’imposta di bollo, la scrittura privata con cui si riduce il canone di locazione, è soggetta, ai sensi del disposto di cui all’articolo 2, della Tariffa, parte prima, allegata al DPR 26 ottobre 1972, n. 642, al tributo fin dall’origine nella misura di euro 14,62 per ogni foglio.
Gli effetti della riduzione del canone sulla determinazione della base imponibile da assoggettare a tassazione, ai fini dell’imposta di registro, decorreranno dall’annualità successiva a quella in cui è stata concordata la nuova misura del canone.
Il nuovo corrispettivo pattuito assumerà rilevanza anche ai fini dell’IVA e delle imposte sui redditi, fermo restando l’esercizio degli ordinari poteri di accertamento da parte dell’Amministrazione Finanziaria.
Si precisa, infine, che qualora il conduttore assumesse lo status di esportatore abituale, sulle fatture emesse dal locatore, non recanti addebito di IVA, occorrerà applicare l’imposta di bollo nella misura di euro 1,81, ai sensi del disposto di cui all’articolo 13 della tariffa allegata al DPR n. 642 del 1972 (cfr. ex plurimis risoluzione del Ministero delle Finanze del 22 luglio 1975, prot. 432734; risoluzione del 23 marzo 2009, n. 73).
. Non vorrei fare un nuovo contratto da cui decorrerebbero nuovi termini di durata del contratto stesso. 
