Siccome hai registrato per via telematica senza allegare il contratto, ora le uniche copie esistenti sono quelle che avete tu come locatore e il conduttore.
Puoi ritirare quelle copie, stracciarle, e rifare il contratto (quindi le parti devono firmarlo nuovamente) formulando la clausola in modo più completo. Tutto il resto, compresa la data di stipula, rimane uguale identico.
Io, ad esempio, scrivo: "Ai sensi e per gli effetti dell'art. n. 3, c. 11 Dlgs. 14/03/2011, n. 23 il locatore comunica al conduttore la propria intenzione di optare per il regime di tassazione cedolare secca del reddito di locazione per finalità abitative. Per tutta la durata dell'opzione verrà sospeso l'aggiornamento del canone a qualsiasi titolo, inclusa la variazione dell'indice Istat. Eventuale futura revoca dell'opzione verrà comunicata tempestivamente dal locatore al conduttore."
Se la clausola è inserita nel contratto non occorre inviare la raccomandata.