Qua e la mi sembra di aver letto diverse imprecisioni.
Cominciamo col dire che.
1) i 30 gg per il versamento della imposta di registro decorrono dalla data di stipula, se questa è anticipata rispetto alla decorrenza; decorrono dall'inizio della decorrenza nel caso raro in cui la stipula avvenga successivamente .
2) Nelle annualità successive, decorre dalla data di decorrenza della scadenza annuale.
3) Il 2% è calcolato sul canone annuale dichiarato in contratto: nel caso il primo anno sia stata specificata una particolare riduzione, il calcolo doveva essere basato sul canone annuale ridotto
(per inciso il commercialista potrebbe aver riscontrato una formulazione del contratto tale da non fare emergere una vera e propria riduzione: ad esempio se la motivazione dell'azzeramento del canone peri primi tre mesi fosse stata giustificata come riconoscimento di lavori quindi pagamento in natura, da parte dell'inquilino)
Secondo me, l'Agenzia delle Entrate può accettare mensilità gratuite, per il semplice fatto che si basa sul canone annuale dichiarato, non sulle mensilità: sta all'estensore del contratto formulare la cosa nel modo corretto.