Penso di no, la norma recita testualmente:Propenderei da profano nel pensare che non si tratti di altro che una proroga obbligatoria alla prima scadenza, indipendentemente dall'esserci o no accordi.
"e alla prima scadenza, ove le parti non concordino sul rinnovo del medesimo, e senza che sia necessaria disdetta per finita locazione, il contratto è prorogato di diritto di due anni."
Quindi la proroga dovrebbe operare solo in caso di disaccordo per poter dare modo al conduttore di trovare un'altra soluzione abitativa.
Troppi se e troppi ma. Penso che per non sbagliare, in caso di contratto agevolato e se il conduttore non va via prima della scadenza, alla fine dei 4 anni ristampo il contratto, lo firmiamo e lo registro come nuovo contratto, tanto per l'Agenzia delle Entrate se non presenti la proroga per loro il contratto è scaduto.