Allora hai agito correttamente. Prima non avevo capito se avevi comunicato il diniego della proroga e in che forma vi siete accordati.ho concesso, verbalmente
Siccome il contratto è giunto a scadenza naturale e non è stato prorogato, è corretto non comunicare nulla all'Agenzia delle Entrate (indipendentemente dalla cedolare secca).
Se nel giro di due-tre mesi l'inquilino non rilascia l'immobile, dovrai iniziare uno sfratto per finita locazione. In questa situazione non vedo bene un contratto transitorio: l'esigenza transitoria del conduttore non mi pare sia abbastanza documentata. Rischieresti di trovarti con un contratto libero 4 + 4.
Speriamo che l'inquilino se ne vada spontaneamente!