un'eventuale comodato d'uso gratuito, per uso non abitativo nel quale si descrive lo stato dei luoghi, l'inabitabilità, e che i lavori di manutenzione straordinaria siano a carico dell'occupante
Non è chiaro quale sarebbe l'uso (non abitativo) per il quale concederesti l'immobile in comodato.
Finché rimani tu proprietario come puoi sollevarti da ogni responsabilità?
Trattandosi di un fabbricato pericolante a me pare che l'unica soluzione sia far cessare l'occupazione abusiva, presentando denuncia alle autorità competenti.
Hai sbagliato a non farlo subito. Ora non vedo perché perdere altro tempo cercando soluzioni alternative che non ti pongono al riparo dai problemi che ti possono creare gli occupanti.