Secondo me hanno torto entrambi. Il locatore deve provvedere alle riparazioni straordinarie, quali le infiltrazioni dal tetto, e l'inquilino non può sospendere il pagamento dell'affitto perché il locatore non provvede. Al limite può provvedervi egli stesso, se il locatore non adempie, addebitandogli poi il costo della riparazione ed, eventualmente, detraendolo da canoni. Ma per far ciò avrebbe dovuto prevvertirlo formalmente (tramite raccomandata a.r.), concedendogli un termine congruo per provvedere alle riparazioni trascorso il quale, in caso di inadempienza, avrebbe potuto provvedervi egli stesso.
Evidentemente il proprietario ha fatto finta di ignorare il problema, per sua convenienza, e l'inquilino ha colto la palla al balzo, visto lo stato di disoccupazione e quindi di disagio economico, per sospendere il pagamento.
Sinceramente allo stato attuale la vedo dura, per il locatore, ottenere uno sfratto rapido di una famiglia in quelle condizioni economiche, con il capofamiglia in stato di disoccupazione e tre figli a carico. Nessun giudice farebbe a meno di concedere una proroga in un caso del genere.
Se fossi il proprietario riparerei comunque urgentemente il tetto (tanto da rendere la casa fungibile anche per future locazioni) e poi, eventualmente, costituirei in mora l'inquilino con una lettera di un legale per poter iniziare la causa di sfratto.