Secondo me, e ho fatto sempre così, i righi da riempire sono tre indicando per ogni rigo i giorni che comunque la loro somma deve dare sempre 365.
Anch'io, da quando uso il SW di Agenzia delle Entrate, mi regolo come te: prima con la compilazione manuale sul modello cartaceo raggruppavo i mesi locati e indicavo la somma percepita (al 95%): tenevo in sostanza conto a priori se i canoni superavano la rendita catastale o meno. Del resto se non ricordo male non veniva espressa anche la quota di reddito fabbricati non imponibile.
Ma facendo così non calcolavo puntualmente i giorni di locazione: ad esempio se la locazione era da gennaio a giugno consideravo semplicemente 6 mensilità, cioè la metà del canone annuale.
In realtà i giorni da gennaio a fine giugno sono 181, quindi meno della metà dei giorni dell'anno : quindi sembrerebbe che il dato corretto sia leggermente inferiore alle sei mensilità (c'è poi sempre il 95% per entrambi gli approcci).
Situazione curiosa.