Ciao,
Per esperienza personale una situazione simile (ho costruito sul lastrico solare di mio padre) l'ho risolta nel seguente modo:
Compravendita tra me e mio padre davanti al notaio con i miei fratelli come testimoni, ho pagato il valore poco più di quello catastale in parte con assegno e in parte con un mutuo. Per le spese notarili ho avuto i benefici della prima casa (ma comunque costano).
L'assegno non è stato riscosso dai miei (è stata una loro scelta) e l'importo del mutuo (ma io dovevo ancora finire i lavori) mi è stato sempre rigirato dai miei.
Per evitare future discussioni occorra che ci sia un passaggio di denaro tra le parti, tipo a d esempio un assegno che davanti al notaio lo dai a tua madre (il numero verrà riportato nell'atto) e che questa lo incassi e vi ridia il denaro.
Altre vie le vedo con poca sicurezza futura, una donazione può essere sempre revocata dal donante e può essere oppugnata dagli altri eredi del donante come atto per distrarre quote ereditarie, anche l'usucapione lo vedo poco praticabile.
Nella speranza di esserti stato utile ti saluto.
Luigi