Se non c'è ancora stata la prima udienza (durante la quale il giudice convalida o meno lo sfratto) il contratto è in corso di validità, quindi devi comunicare la proroga all'Agenzia delle Entrate.
Suppongo si tratti di uno sfratto per morosità, visto che non parli di finita locazione. Quindi il conduttore potrebbe sanarla davanti al giudice oppure chiedere ed ottenere il termine di grazia.
Se non hai comunicato al conduttore disdetta allo scadere del quinto anno, osservando il termine di preavviso, al 31 gennaio il contratto è stato prorogato e la proroga dee essere comunicata all'Agenzia delle Entrate.