Secondo il tuo ragionamento, quello realizzato sarebbe considerato un abuso edilizio.Se lo fai dopo i tre anni (quando scade una Scia) il permesso automaticamente è scaduto ed è come se non fosse stato presentato nulla per cui devi ripresentare tutto dall’inizio se vuoi fare i lavori!
Da noi è sufficiente presentare un progetto per completare i lavori, magari con un computo metrico.