Caro windly68, purtroppo senza poter esaminare interamente la proposta d'acquisto controfirmata dal venditore è difficile poterti aiutare nello specifico.
Faccio solo qualche considerazione di ordine generale.
Il fatto che l'agenzia abbia ottenuto la proposta poco prima della scadenza del mandato, è irrileveante (avrebbe sicuramente avuto interesse farlo prima se ne aveva la possibilità ed incassare prima il proprio compenso).
Quanto indicato nell'incarico di vendita viene, a mio modo di vedere, superato dal "contenuto" della proposta. Dalla firma della proposta da parte del venditore, è quello il documento al quale fare riferimento. Quindi i differenti importi dell'incarico e della proposta sono irrilevanti.
La prassi da parte dell'agenzia di ricevere un assegno a loro intestato non è corretta. L'assegno deve essere intestato alla parte venditrice.
Presupposto che l'agente immobiliare sia regolarmente iscritto al ruolo, la parte venditrice dovrebbe onorare agli impegni presi.
Domanda: quale sarebbe la penale che la parte venditrice dovrebbe pagare all'agenzia? E quale al proponente l'acquisto?.
Anche io, come Andrea Sini, suggerrirei di consultarti con un legale per esaminare "dal vivo" i documenti che sono stati fatti frimare e valutare il da farsi.