Ricapitoliamo:
Contratto di locazione registrato a marzo 2011, hai due possibilità che sono:
1) tassazione ordinaria IRPEF, in questo caso ogni anno entro 20 giorni dalla data di stipula dovete versare(tu e il conduttore con un unico F23) il 2% dell'importo del canone annuo. Il versamento fatto con il mod. F23 non va consegnato all'Agenzia delle Entrate se si tratta di RINNOVO. Allo scadere del quarto anno devi fare, sempre con il mod.F23 la proroga per altri 4 anni specificando sul mod.F23 "PROROGA CONTRATTO LOCAZIONE DAL xx/xx/xxxx AL xx/xx/xxxx, in questo caso devi consegnare la copia del versamento all'Agenzia delle Entrate. per quanto riguarda la tassazione IRPEF dovrai dichiararlo o sul 730 o su unico 2012, redditi 2011, attenzione che dovrai compilare due righi per lo stesso immobile in quanto non è stato locato per tutto l'anno.
2) Tassazione con cedolare secca, in questo caso devi aver mandato lettera raccomandata al conduttore comunicandogli le tue intenzioni e specificando che per tutto l'arco contrattuale non ci sarebbero stati aumenti del canone inclusa l'istat. questo entro il termine di pagamento della prima rata di acconto per la cedolare del 2011. A questo punto, essendo stato registrato prima del 7/4/2011 con pagamento della relativa imposta, puoi optare per la cedolare secca direttamente in dichiarazione dei redditi per il 2011. Devi, però, confermare l'opzione alla cedolare per l'annualità 2012 e successive tramite il mod.69 entro il termine di pagamento dell'adempimento(nel tuo caso sarebbe la prima annualità scadente a marzo 2012) non pagando nulla ma solo presentando il mod.69 compilato e firmato all'Agenzia delle Entrate.
Tutto qui facile no?