La "Data stipula" è quella in cui è stato stipulato e firmato il contratto.
Non è chiara la spiegazione che hai letto sul sito dell'Agenzia delle Entrate.
Io leggo:
Data di stipula - Indicare la data di stipula del contratto di locazione o di affitto.
Mentre le date "dal....al...." riguardano la data di inizio e quella di fine locazione.