Quando registro un contratto di locazione commerciale (redatto su carta uso bollo, mediamente 6 o 7 facciate) non ho mai riscontrato problemi allegandolo al mod. RLIWeb in formato pdf/a.
Non so tu se alleghi anche l'APE, nel qual caso il file cresce.
Ma indipendentemente da questo, non so se tu hai uno scanner che produce direttamente il file in pdf/a: altrimenti userai il convertitore sotto civis o altro disponibile on line.
Io ho notato che c'è spesso molta differenza nei risultati: ad es. ieri ho registrato un contratto, il cui pdf originario era di 2.623 kB (ecco da dove nasce il mio errore tra kB e MB): con Xodo il pdf/a generato è stato di 4.102 kB, in precedenza avevo provato con Avepdf ed il risultato era maggiore di 15MB.
In passato usavo civis: a volte non è stato in grado di produrre un pdf/a: non ricordo se c'erano allegati grafici (APE o planimetrie) o era un pdf ottenuto per sezionamento.